En el contexto del desarrollo de vacunas principal objetivo de la FIDIC, el grupo de RMN – CALCULO ESTRUCTURAL, inicio en el año 1993 en el Instituto de Inmunología del Hospital San Juan de Dios, con el fin de determinar la estructura tridimensional de moléculas de interés biológico como son:

Fragmentos peptídicos provenientes de proteínas relevantes de P. falciparum, P. vivax, M. tuberculosis, Virus del papiloma humano, entre otros. Hasta el día de hoy el grupo lleva 20 años de funcionamiento en los cuales se han determinado cientos de estructuras de moléculas importantes.

Para el estudio conformacional de las moléculas por Resonancia Magnética Nuclear (RMN), estas se solubilizan en solventes deuterados como agua o mezclas agua-trifluoroetanol hasta alcanzar una concentración final aproximada de 8 mM. Generalmente se realizan  dos experimentos bidimensionales: COSY y TOCSY los que permiten identificar los sistemas de spin para cada aminoácido que conforman la  molécula y  un tercer experimento llamado NOESY el cual permite la asignación secuencial de los aminoácidos de la cadena peptídica y la detección de los patrones de conectividades que determinan el tipo de estructura secundaria preferencial que adoptan las moléculas y la  localización de los residuos involucrados en dicha estructura.

La obtención de los modelos estructurales de las moléculas de interés, se realiza con base en los datos obtenidos por RMN. Estos modelos involucran programas de dinámica molecular y minimización de energía incluidos en el software InsightII, para obtener una familia de confórmeros con una geometría apropiada que representan la conformación preferencial de la molécula.

Por último, se busca determinar la relación existente entre la estructura 3D y el comportamiento inmunológico de estas moléculas.