Estos esquemas pueden obtenerse empleando distintos enfoques v.g. métodos supervisados y métodos no supervisados. En los métodos supervisados se parte de un conocimiento previo sobre las propiedades discriminantes de las variables, ponderándolas con el fin de obtener un tipo de clasificación específica. Por otro lado, los métodos no supervisados tienen en cuenta de manera no ponderada todas las propiedades y calculan la semejanza entre los elementos usando, en la mayoría de los casos, una función de distancia. Ya que estamos interesados en que los agrupamientos se formen sin suponer de antemano relaciones entre los objetos, este último enfoque ha sido empleado en nuestro grupo de investigación con el fin de detectar patrones de distintas naturalezas en sistemas de interés bioquímico:
Sistema estudiado: Complejo Mayor de Histocompatibilidad clase II (MHC II)
Finalidad: Identificar y analizar los sitios claves en el proceso de reconocimiento molecular del MHC-péptido, mediante herramientas de química computacional, biología evolutiva y bioinformática con el propósito de orientar el diseño racional de vacunas sintéticas y su aplicación a las distintas variantes de estos genes en Humanos y en el modelo animal primate.
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