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05-GF BIOMATEMATICAS
OBJETIVO ESPECIFICO
 

Subproyecto: 01-Desarrollo de metodologías para el análisis de patrones y la clasificación en sistemas biológicos y químicos.

   
METODOLOGIA
 
El reconocimiento de patrones tiene como objetivo encontrar semejanzas entre objetos, teniendo en cuenta una colección de atributos que los describen, para obtener un esquema de clasificación.
 

Estos esquemas pueden obtenerse empleando distintos enfoques v.g. métodos supervisados y métodos no supervisados. En los métodos supervisados se parte de un conocimiento previo sobre las propiedades discriminantes de las variables, ponderándolas con el fin de obtener un tipo de clasificación específica. Por otro lado, los métodos no supervisados tienen en cuenta de manera no ponderada todas las propiedades y calculan la semejanza entre los elementos usando, en la mayoría de los casos, una función de distancia. Ya que estamos interesados en que los agrupamientos se formen sin suponer de antemano relaciones entre los objetos, este último enfoque ha sido empleado en nuestro grupo de investigación con el fin de detectar patrones de distintas naturalezas en sistemas de interés bioquímico:

Sistema estudiado: Complejo Mayor de Histocompatibilidad clase II (MHC II)
Finalidad: Identificar y analizar los sitios claves en el proceso de reconocimiento molecular del MHC-péptido, mediante herramientas de química computacional, biología evolutiva y bioinformática con el propósito de orientar el diseño racional de vacunas sintéticas y su aplicación a las distintas variantes de estos genes en Humanos y en el modelo animal primate.

Identificación de genes relevantes para el desarrollo de vacunas contra agentes patógenos y
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Para el desarrollo de los objetivos 1, 2 y 3 esta organizado en tres subproyectos
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Sistema estudiado: Secuencias de péptidos candidatos a vacuna.
Finalidad: Identificar motivos en péptidos que presentan capacidad para ser usados como vacunas, con el fin de establecer modelar sus características estructurales y fisicoquímicas in silico. Estas características servirán como fundamento para determinar reglas generales de diseño molecular para péptidos con interés farmacológico y en el diseño de vacunas.   

Sistema estudiado: Bases de datos de proteínas cristalizadas. Diagrama de Ramachandran.
Finalidad: Estudiar bases de datos estructurales de alta resolución para identificar las tendencias conformacionales (alfa, beta, etc.) de cada aminoácido en términos de sus ángulos diedros Psi y Phi. Para tal efecto desarrollamos software que permita procesar dicha información para el cual hemos implementado nuevos métodos para el procesamiento de grandes bases de datos. Este estudio de preferencias conformacionales permite determinar semejanza entre aminoácidos que pueden ser usados en el diseño de péptidos.

 

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